Awesome Scientific Writing

Scientific Writingを扱う資料や関連プロジェクトをまとめたAwesomeリストです。

ワードプロセッサ

Marktext - Markdownテキストエディター。
R Studio - R用IDE。
- bookdown - R Markdownで書籍、長文記事、レポートを執筆しやすくするRパッケージ :bookmark: :link:。
- R Markdown - Markdownの隣にRを書けるRパッケージ :bookmark: :link:。
Vim - コマンドラインのテキストエディター。
- fzf-bibtex - Goで実装されたファジーファインダーfzfを用いる、Vim統合付きBibTeXソース。
- vim-pandoc - Vim向けPandoc統合とユーティリティ。
- vim-pandoc-syntax - Vim向けPandoc構文ハイライト。
Visual Studio Code - Markdownをサポートする人気のIDE。
- Markdown All in One - プレビューや自動補完など、VSCodeのMarkdownサポートを強化する拡張機能。
- Markdown Preview Enhanced - Pandoc統合とユーティリティ。
Zettlr - CSL、BibLaTeX、Pandocなど多数のツールを統合するMarkdownエディター :bookmark: :link:。

引用、BibTeX、BibLaTeXファイルを生成するための文献管理ツール。

Citation Style Language (CSL) styles - 9,000を超える無料のCSL引用スタイルと、新規スタイルを作るオンラインエディターを備えるクラウドソース型リポジトリ。
JabRef - オープンソースの参考文献管理ツール。
Zotero - 研究を収集、整理、引用、共有するためのFOSSツール。
- Better BibTeX for Zotero - Zotero向けの強化されたBibTeX／BibLaTeX統合。
ZoteroBib - オンラインの参考文献管理ツール。

図を自分で描くことは、多くの科学者を悩ませてきました。幸い、美しいグラフィックを作成できる形式言語があります。

補助ファイルとツール。

Cicero - remarkまたはreveal.jsを使用してMarkdownソースからHTMLプレゼンテーションをレンダリングするPythonパッケージ :link:。
docutils - reStructuredTextを各種形式へ変換し、コマンドラインツールを提供するPythonパッケージ :link:。
Jupyter Book - CommonMark、MyST Markdown、Jupyter notebooksのコレクションをHTMLウェブサイトに変換する静的サイトジェネレーター。
MyST - reStructuredText風の機能を備えるCommonMark Markdownのスーパーセット、Markedly Structured Text。
nbconvert - Jupyter notebooksをreveal.jsプレゼンテーション、PDF、HTML、Markdown、reStructuredTextなどへ変換します。
pandoc - あるマークアップ形式から別の形式へ変換するHaskellライブラリと、そのライブラリを用いるコマンドラインツール :bookmark: :link:。
- Pandoc filters - 引用や相互参照などの追加機能を実装するpandocアドオンのリスト。
- Panflute - John MacFarlaneのpandocfiltersに対するPythonらしい代替。
Quarto - R MarkdownとJupyter NotebooksをPDF、スライド、ウェブサイトへコンパイルします。R、Python、Juliaをサポート :bookmark: :link:。

GNU Aspell - コマンドラインのスペルチェッカー。
Hunspell - コマンドラインのスペルチェッカー。
LanguageTool - オープンソースの文法、スタイル、スペルチェッカー。
LanguageCheck - 科学的LaTeX論文を分析し、一般的な誤り／曖昧さ、時制の一貫性、aとan、スペルチェック、段落の主題文について改善を提案します。
Markdown lint tool - Markdownリンター。
proselint - 散文向けリンター。
remarklint - Markdownリンター。
restructuredtext-lint - reStructuredTextリンター。
textlint - テキストとMarkdown向けの拡張可能なLintツール。
textidote - LaTeX文書のスペル、文法、スタイルを検査します。
Vale - 速度と拡張性を重視して構築された、散文向けの無料オープンソースリンター。
write-good - 英語散文向けの素朴なリンター。

再利用できるミニマルな例。

Paper Templates for GitHub Pages - GitHub Pagesで公開する、論文と履歴書／CV向けのMarkdownベーステンプレート。

bookdown-demo - R Markdownとbookdownに基づく書籍の最小例。
Eisvogel - クリーンな学術向けpandoc LaTeXテンプレート。
Template for writing a PhD thesis in Markdown - 主にMarkdownと少量のLaTeXを用い、Pandocでコンパイルする博士論文執筆のための、整然としたファイル構成フレームワーク。

科学目的の論文とプレゼンテーションの生成方法。

3 frameworks into one — Write your next paper with R Studio! - R Markdown（bookdown）、Zotero（文献管理）、Notion（研究論文のノート作成）を組み合わせて学術論文を書くワークフローの概要。
Book on Riemann solvers - カスタムnbconvertテンプレートを用いる例。ノートブックを出力なしで保存して（バージョン管理のため）、bookbook実行前に自動実行することで、PDFとHTML版に出力を含める方法を示します。
Dennis Tenen and Grant Wythoff - PandocとMarkdownを使ったプレーンテキストでの持続可能な執筆。
Heads up! Quarto is here to stay. Immediately combine R & Python in your next document - Quartoの機能、利用理由、R Markdownとの比較の要約。M1 Macユーザー向けに、reticulateでよくある問題を解決するヒントもあります。
Write your dissertation in RMarkdown - テキスト、図、参考文献、画像、書式設定などを含む複雑なPDF文書を作成するステップバイステップガイド。
Writing scientific papers for ACPD using Emacs Org-mode - Org-mode内でLaTeXコマンドとシームレスに統合して論文を執筆する詳細チュートリアル。

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