Libx Awesomeリスト

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    Awesome Biological Visualizations

    Biological Visualizationsを扱う資料や関連プロジェクトをまとめたAwesomeリストです。

    目次

    がん

    • COSMIC Cancer Browser - 組織型と組織学によってCOSMICデータを閲覧します。
    • UCSC Xena - ゲノムおよび／または表現型変数間の相関について機能的ゲノムデータセットを探索します。
    • cBioPortal for Cancer Genomics - 大規模がんゲノミクスデータセットの可視化、分析、ダウンロード。
    • iCoMut Beta for FireBrowse - 変異率、変異シグネチャ、臨床データ、遺伝子変異の対話的探索。
    • MAGI - ゲノム異常の可視化と共同アノテーション。
    • ExploSig - 変異シグネチャと臨床データの対話的可視化。
    • Race, Gender, and Age in TCGA - The Cancer Genome Atlas（TCGA）データセット内の患者の性別、人種、年齢の対話的可視化。
    • OASISPRO - 臨床表現型予測向けオミクス分析ツール。
    • Signal - がんサンプルとisogenic細胞ベース実験から抽出した変異シグネチャ。
    • Oncoscape - 分子・臨床データに関連する仮説をユーザーが探索するための統合分析ツールスイート。

    ゲノミクス

    • UCSC Genome Browser - ゲノムデータを対話的に可視化します。
    • Ensembl - 比較ゲノミクス、進化、配列変異、転写制御の研究をサポートする脊椎動物ゲノム向けゲノムブラウザー。
    • IMP: Integrative Multi-species Prediction - 複数の生物種の遺伝子間ネットワークの機能的文脈で実験結果を分析します。
    • PLACNETw - 次世代配列ペアエンドデータセットからプラスミドを再構築するグラフベースツール。
    • PhyD3 - 系統樹ビューアー。
    • Archaeopteryx - 系統樹の可視化、分析、編集。
    • GeneMANIA - 遺伝子と遺伝子セットの機能予測を助けます。
    • Mutaframe - ヒトゲノムの変異体を可視化します。
    • Coessentiality - コエッセンシャルモジュールのゲノム全体年鑑が、特徴未解明の遺伝子へ機能を割り当てます。
    • Gosling - スケーラブルで対話的なゲノミクスデータ可視化のための文法ベースツールキット。
    • gbatlas - GenBank/GenPeptレコード向けの対話的ビューアー: 線形・円形のfeature maps、CDS翻訳、ORF・restriction-siteレイヤーをすべてブラウザー内で提供します。

    3Dゲノミクス

    • HiGlass - ゲノム接触行列とトラックを探索するツール。
    • HiPiler - Hi-Cマップの反復パターン（loops、TADsなど）を視覚的に探索・集約するツール。
    • Delta - 3Dゲノム向け統合分析・可視化プラットフォーム。
    • Juicebox - Hi-Cデータの可視化。
    • TADkit - 3DゲノムブラウザーとTADbitフロントエンド。

    メタゲノミクス

    • Metaviz - メタゲノミクスデータの対話的統計・可視分析。
    • Malaria Cell Atlas - 500を超える個々のPlasmodium寄生虫で遺伝子がどう発現するか探索します。

    エピゲノミクス

    • Epiviz - 機能ゲノミクスデータの対話的視覚分析。
    • GIVe - エピゲノムとゲノム相互作用。
    • WashU Epigenome Browser - ゲノム全体または一部、特定の遺伝子セット・経路にわたる多数のシーケンシングベースデータセットを、メタデータの文脈で表示します。
    • Clustergrammer CCLE Explorer - Clustergrammerを使用し、組織由来別にCancer Cell Line Encyclopedia（CCLE）のがん細胞株の相対mRNA発現データを閲覧します。
    • Peax - 教師なし深層表現学習を使用するエピゲノミクスデータの対話的視覚パターン探索。

    プロテオミクス

    • COSMIC-3D - 3Dタンパク質構造の文脈でがん変異を理解するプラットフォーム。
    • EzMol - タンパク質・核酸構造の可視化と画像生成。
    • Genomics 2 Proteins portal - ゲノムデータをタンパク質配列・タンパク質構造へ接続するプラットフォーム。
    • LiteMol - 大規模な高分子構造データの可視化。
    • pdb2print - PDB構造を、チェーンごとのオブジェクト、磁石ポケット、カスタム表示スタンドを備える3D印刷可能な3MFファイルへ変換します。

    空間トランスクリプトミクス

    • Vitessce - 空間単一細胞実験データ探索のための視覚統合ツール。
    • Brain mRNA Isoform Atlas - 生後発達における選択的スプライシングの細胞型シグネチャを可視化します。
    • AlzMap - アルツハイマー病における空間トランスクリプトミクス。
    • Loom Viewer - Loomファイル形式で保存された単一細胞データを共有、閲覧、可視化するツール。
    • TissUUmaps - 大規模空間遺伝子発現・組織形態データの対話的可視化。
    • Giotto Viewer - 空間トランスクリプトミクスデータ向けウェブベース可視化パッケージ。

    （非空間）トランスクリプトミクス

    • cellxgene - 単一細胞トランスクリプトミクスデータの対話的エクスプローラー。
    • UCSC Cell Browser - 単一細胞発現の対話的ビューアー。
    • L1000FWD - 薬物誘導トランスクリプトミクスシグネチャの大規模可視化。
    • ASAP - 単一細胞トランスクリプトミクスデータを分析する共同ポータル。
    • SCope - 大規模scRNA-seqデータセット向け可視化ツール。
    • Mouse Brain Atlas - Linnarsson Labによる細胞型アトラス。
    • Broad Institute Single Cell Portal - 障壁を減らし、単一細胞研究を加速します。
    • Allen Brain Map - Transcriptomics Explorer - ヒトとマウスのトランスクリプトミクス細胞型アトラス。
    • Single Cell VR - 仮想現実における単一細胞データの対話的可視化。
    • SPRING - 単一細胞遺伝子発現データの高次元構造を明らかにするツール。
    • START - Shiny Transcriptome Analysis Resource Toolは、countデータから始めてユーザーがRNA-seqデータを可視化できるようにします。
    • iSEE - Interactive SummarizedExperiment Explorer。
    • TISCH - Tumor Immune Single-cell Hub（TISCH）は、腫瘍微小環境に焦点を当てたscRNA-seqデータベースです。

    遺伝子発現行列

    • EBI Single Cell Expression Atlas - 種を横断した単一細胞遺伝子発現。
    • MORPHEUS - 多用途の行列可視化・分析ソフトウェア。
    • Clustergrammer - 高次元データを対話的な階層クラスタリングヒートマップとして可視化します。

    顕微鏡

    • IONpath MIBItracker - スライドと画像データ。
    • Avivator - Bio-Formats ZarrまたはOME-TIFF形式のリモート画像データ向け、軽量で「batteries-included」なWebGLビューアー。

    コネクトミクス

    • neuroglancer - ハエの脳内における非常に詳細な神経接続マップを可視化するツール。
    • Allen Mouse Brain Connectivity Atlas - マウス脳の神経接続の高解像度地図。
    • FlyWire - ハエのコネクトームをマッピングする人間とAIの共同作業。

    メタボロミクス

    • Metaspace - イメージング質量分析データの代謝物アノテーションプラットフォーム。

    質量分析

    • Cytosplore - Cytosploreは質量サイトメトリーデータの分析のための対話的視覚分析システムです。

    集団

    医学

    • Snake Oil Supplements - 人気の健康サプリメントの科学的根拠。
    • SieveSifter - HIV-1ワクチン有効性試験のsieve解析を可視化するツール。