Awesome R

Rを扱う資料や関連プロジェクトをまとめたAwesomeリストです。

2023

Cookbook Polars for R

2020

VSCode - vscode-R + vscode-r-lsp VSCode R言語サポート
gt - Rから情報豊富で出版品質の高い表を簡単に生成
lightgbm - ライトグレードブーストマシン
torch - GPU加速によるテンソルと神経ネットワーク

2019

ggforce - ggplot2拡張フレームワーク
rayshader - 2Dおよび3Dデータ可視化をrgl で実現
vroom - 区切り文字で区切られたファイルの高速読み込み

統合開発環境

Integrated Development Environment

VSCode - vscode-R + vscode-r-lsp VSCode R言語サポート
RStudio - R用の強力で生産的なユーザーインターフェース。Windows、Mac、Linuxで非常に使いやすい。
Emacs + ESS - Emacs Speaks StatisticsはEmacsテキストエディタ向けの追加パッケージ。
Sublime Text + R-IDE - Sublime Text 2/3向けの追加パッケージ。
TextMate + r.tmblundle - TextMate 1/2向けの追加パッケージ。
StatET - R用のEclipseベースのIDE。
R Commander - 基本的なグラフィカルユーザーインターフェースを提供するパッケージ。
IRkernel - Jupyter用のRカーネル。
Deducer - スプレッドシートのようなデータエディタを備えた、メニュー駆動のデータ分析GUI。
Radiant - Shinyに基づく、プラットフォームに依存しないブラウザベースのRによるビジネス分析インターフェース。
Nvim-R - Neovim向けのRプラグイン。
Jamovi および JASP - ベイズおよび頻度主義手法を用いたデスクトップソフト、SPSSユーザーが使い慣れたUIを採用。
Bio7 - 生態モデルのためのモデル作成、科学的画像分析、統計分析を提供するIDE。
RTVS - VSTS用のRツール
radian (formerly rtichoke) - シンタックスハイライト付きの現代的なRコンソール.
RKWard - R用の拡張可能なIDE/GUI.

構文

Packages change the way you use R.

magrittr - パイプを試してみましょう.
pipeR - マルチパラダイムパイプ実装.
lambda.r - Rにおける関数型プログラミングとシンプルなパターンマッチング.
purrr - underscore.jsの精神をもつR用の関数型プログラミングパッケージ.

データ操作

Packages for cooking data.

dplyr - 高速なデータフレーム操作とデータベースクエリ.
data.table - 短く柔軟な構文で高速なデータ操作.
reshape2 - データを柔軟に並び替え、変形、集計する.
tidyr - spreadとgather関数でデータを簡単に整備する.
broom - 統計解析オブジェクトを tidy データフレームに変換する.
rlist - リストを用いた非テーブルデータ操作のツールボックス.
ff - 大規模データセットを格納するためのデータ構造.
lubridate - 日付と時刻を扱うための関数セット.
stringi - ICUをベースにした文字処理パッケージ.
stringr - stringiに基づく一貫した文字処理API.
bigmemory - 共有メモリとメモリマップされたマトリクス。big*パッケージは線形モデル（biglm）およびランダムフォレスト（bigrf）などの追加ツールを提供する.
fuzzyjoin - 不正確な一致に基づいてテーブルを結合する.
tidyverse - tidyverseのパッケージを簡単にインストール・ロードする。
snakecase - 文字列を自動的に解析し、スネークケースやキャメルケースなどに変換する
DataExplorer - 最小のコードで高速な探索的データ分析を行う

データ形式

Packages for reading and writing data of different formats.

arrow - Arrow C++ ライブラリへのインターフェース
feather - Apache Arrow を活用した Python、R などへの高速かつ相互運用可能なバイナリデータフレームストレージ
fst - R でのデータフレームの高速シリアル化
haven - R で SPSS、Stata、SAS ファイルをインポートするための改善された手法
jsonlite - R で JSON ファイルをパースするための堅牢かつ高速な方法
qs - R のオブジェクトの高速シリアル化
readxl - R に .xls および .xlsx 形式のExcelファイルを読み込む
readr - R にテーブルデータを読み込むための高速かつ親切な方法
rio - データ入出力用のスイス軍刀
readODS - OpenDocument スプレッドシートを R にデータフレームとして読み込む
RcppTOML - TOML ファイル用の C++ パーサーへの Rcpp バインディング
vroom - 区切り文字で区切られたファイルの高速読み込み
writexl - R 用のデータフレームを xlsx 形式にエクスポートする軽量で移植可能なライブラリ
yaml - YAML にオブジェクトを変換・変換するための R パッケージ

グラフィック表示

Packages for showing data.

ggplot2 - グラフィックの文法を実装したライブラリ
ggfortify - 1行のコードで ggplot2 などの人気統計パッケージに統一されたインターフェースを提供
ggrepel - 重なり合うテキストラベルを互いに離す
ggalt - ggplot2 への追加の座標系、ジオメトリ、統計変換
ggstatsplot - ggplot2ベースの統計詳細を含む可視化グラフ
ggtree - 系統樹の可視化と注釈
ggtech - ggplot2の技術テーマとスケール
ggplot2 Extensions - ggplot2拡張のサンプル
lattice - 強力で洗練された高レベルデータ可視化システム
corrplot - 相関行列や一般行列の可視化表示。また、行列の並び替えを行うアルゴリズムを含む。
rgl - R用の3次元可視化デバイスシステム
Cairo - cairoグラフィックスライブラリを使用したRグラフィックスデバイスによる高品質表示出力
extrafont - Rグラフィックスにおけるフォントの使用ツール
showtext - Rグラフィックスデバイスでシステムフォントを使用してテキストを表示可能に
animation - Rでアニメーショングラフを簡単に生成する方法、を用いる ImageMagick
gganimate - ggplot2を用いた簡単なアニメーションの作成
misc3d - 3次元プロット、等値面などに対処する強力な関数
xkcd - グラフにxkcdスタイルを適用
imager - CImgライブラリに基づく画像処理パッケージで画像の処理と表示を行う
hrbrthemes - 🔏 意見に基づき、タイプグラフィック中心のggplot2テーマとテーマコンポーネント
waffle - 🍁 Rでウェッフェ（四角いピース）チャートを作成
dendextend - 階層的クラスタリングのツリーの可視化、調整、比較
idendro - 階層的クラスタリングのツリー（デンドログラム）のインタラクティブ探索
r2d3 - D3可視化へのRインターフェース
Patchwork - 複数の ggplot を同じグラフィックに結合
plot3D - 多次元データの可視化
plot3Drgl - 多次元データの可視化 - ‘rgl’を使用
httpgd - Rにおける非同期HTTPサーバーによるグラフィックスデバイス

HTMLウィジェット

Packages for interactive visualizations.

heatmaply - D3を使用したインタラクティブなヒートマップ
d3heatmap - D3を使用したインタラクティブなヒートマップ（長期間メンテナンスされていない）
DataTables - RのマトリクスまたはデータフレームをインタラクティブなHTMLテーブルとして表示
DiagrammeR - RでJavaScriptグラフ図とフローチャートを作成
dygraphs - Rにおける時系列データの可視化
formattable - フォーマット可能なデータ構造
ggvis - R用のインタラクティブなグラムマリックグラフィックス
Leaflet - 最も人気のあるJavaScriptライブラリのインタラクティブマップ
MetricsGraphics - D3を使用したスキャターマップ、線グラフ、ヒストグラムの簡単な作成を可能にする
networkD3 - RからD3 JavaScriptネットワークグラフを作成
scatterD3 - D3を使用したインタラクティブスキャターマップ
plotly - D3とShinyを用いたインタラクティブなggplot2およびShiny可視化 plot.ly
rCharts - RからインタラクティブなJavaScriptチャートを作成
rbokeh - RとBokehのインターフェース
threejs - インタラクティブな3Dスキャターマップと地球儀
timevis - 完全にインタラクティブなタイムライン可視化を作成
visNetwork - vis.js ライブラリを用いたネットワーク可視化
wordcloud2 - wordcloud2.jsに対するRインターフェース
highcharter - htmlwidgetsに基づくHighchartsのRラッパー
echarts4r - Echarts version 4に対するRラッパー

再現可能な研究

Packages for literate programming and reproducible workflows.

knitr - Rで簡単な動的レポート生成
redoc - 逆再生可能ドキュメント
tinytex - 軽量かつ保守しやすいLaTeXディストリビューション
xtable - テーブルをLaTeXまたはHTMLにエクスポート
rapport - R用のテンプレートシステム
rmarkdown - R用の動的ドキュメント
slidify - Rマークダウンから再現可能なhtml5スライドを生成
Sweave - Rを使ってLaTeXレポートを書くためのパッケージ
texreg - LaTeXおよびHTMLでの統計モデルのフォーマット
checkpoint - チェックポイントサーバー上のスナップショットからパッケージをインストール
brew - 事前にデータを計算してレポートテンプレートを高速化。knitrと組み合わせ可能
officer - RでMicrosoft Word、Microsoft PowerPointおよびHTMLレポートを生成するパッケージ
flextable - 複雑なテーブル（マージセル、マルチレベルヘッダーおよびフッター、条件付きフォーマット）をMicrosoft Word、Microsoft PowerPointおよびHTMLレポートに埋め込むRパッケージ。[officer]パッケージと協働し、[rmarkdown]レポートと統合
bookdown - Rマークダウンで書く本の作成
ezknitr - knitrを使用する際の典型的なワークディレクトリの問題を回避
targets - データサイエンスワークフローの整理と実行に用いるMake風パイプラインツール。既に実行済みのステップは自動的にスキップ。rOpenSciでサポート
R Suite - Rで柔軟かつ再現可能なデプロイワークフローを設計するためのパッケージ
kable - ‘knitr’の’kable()‘を使用して、華やかなHTMLまたは’LaTeX’テーブルを作成

ウェブ技術とサービス

Packages to surf the web.

Web Technologies List - Rと世界-wide-webを組み合わせて使う方法に関する情報
shiny - Rで簡単なインタラクティブなウェブアプリケーションを作成。詳しくは awesome-rshiny を参照
shinyjs - あなたのShinyアプリケーションにおけるユーザーインタラクションと体験を数秒で改善
RCurl - Rにおける一般のネットワーク（HTTP/FTP/…）クライアントインターフェース
curl - R用の現代的で柔軟なウェブクライアント
httr - ユーザーにやさしいRCurlのラッパー
httpuv - HTTPおよびWebSocketサーバー用のライブラリ
XML - R内でXMLをパースおよび生成するためのツール
xml2 - R内でXMLをパースおよび生成するための最適化ツール
rvest - CSSSelectまたはXPath構文を使用したRでの簡単なウェブスクレイピング
OpenCPU - Apache2ウェブサーバーに基づくHTTPAPIにより、RコードをRESTウェブサービスとして公開し、フルサイズのマルチページウェブアプリケーションを作成
Rfacebook - Rを介したFacebook APIへのアクセス
RSiteCatalyst - Adobe Analytics向けのRクライアントライブラリ
plumber - 既存のRコードをウェブAPIとして公開するためのライブラリ
golem - 生産レベルのShinyアプリケーションを構築するためのフレームワーク

並列計算

Packages for parallel computing.

parallel - Rは2.14.0リリースから、新しいパッケージparallelが導入され、パッケージの（わずかに修正された）コピーが含まれる multicore snow
Rmpi - RmpiはMPI APIへのインターフェース（ラッパー）を提供し、またインタラクティブなRスレーブ環境も提供
foreach - ループを並列で実行
future - Rにおける並列および分散処理に用いる、最小限で効率的かつプラットフォームを問わず統一されたFuture API；初心者から高度な開発者まで対応。
SparkR - Spark向けのRのフロントエンド。
DistributedR - HP Vertica Analytics Teamが開発したスケーラブルかつ高性能なプラットフォーム。
ddR - 分散データ構造を提供し、Rにおける分散計算を簡素化。
sparklyr - RStudioからApache SparkへのRインターフェース。
batchtools - LSF、TORQUE、Slurm、OpenLava、SGEおよびDocker Swarmによる高性能計算。

高性能処理

Packages for making R faster.

Rcpp - RcppはR上に強力なAPIを提供し、R内の関数の実行速度を極めて高速に。
Rcpp11 - Rcpp11はRcppの完全なリデザインであり、C++11をターゲットとしている。
compiler - JITを用いてRコードの高速化。
cpp11 - cpp11はヘッダーのみのRパッケージで、Rパッケージ開発者がC++コードでRオブジェクトを扱う際に支援。Rcppに類似しているが、設計上のトレードオフと機能が異なる。

言語API

Packages for other languages.

rJava - RとJavaの低レベルインターフェース。
jvmr - R、Java、Scalaの統合。
reticulate - Pythonとの統合。
rJython - Jythonを介したRとPythonのインターフェース。
rPython - RからPythonを呼び出すためのパッケージ。
runr - RからJuliaおよびBashを実行。
RJulia - RパッケージCall Julia。
JuliaCall - RとJuliaのシームレスな統合。
RinRuby - RubyにRインタープリタを統合するRubyライブラリ。
R.matlab - MATファイルの読み書きおよびRとMATLABの接続。
RcppOctave - オクターブとマットラブへのスムーズなインターフェース
RSPerl - PerlからRへ、RからPerlへ両方向で呼び出すためのインターフェース
V8 - 埋め込みJavaScriptエンジン
htmlwidgets - JavaScriptによるデータ可視化の優れた機能をRに導入
rpy2 - RへのPythonインターフェース

データベース管理

Packages for managing data.

RODBC - RにおけるODBCデータベースアクセス
DBI - Rとデータベース管理システムの間を接続する共通インターフェースを定義
elastic - Elasticsearch HTTP APIへのラッパー
mongolite - R向けのストリーミングMongoクライアント
odbc - ODBCデータベースに接続（DBIインターフェースを使用）
RMariaDB - MariaDBへのRインターフェース（旧RMySQLパッケージの代替）
RMySQL - MySQLデータベースへのRインターフェース
ROracle - OCIベースのOracleデータベースインターフェース（R用）
RPostgres - PostgreSQLデータベースへのDBI準拠インターフェース
RPostgreSQL - PostgreSQLデータベースシステムへのRインターフェース
RSQLite - R向けのSQLiteインターフェース
RJDBC - JDBCインターフェースを介したデータベースへのアクセスを提供
rmongodb - MongoDBへのRドライバー
redux - Redisクライアント（R用）
RCassandra - Apache Cassandraの基本機能への直接インターフェース（Javaではなく）
RHive - R拡張機能でApache Hiveを介した分散計算を実現
RNeo4j - Neo4jグラフデータベースドライバー
rpostgis - PostGISデータベースへのRインターフェースで空間オブジェクトをRに取得

機械学習

Packages for making R cleverer.

anomalize - TwitterのAnomalyDetection手法を用いた tidy Anomaly Detection
AnomalyDetection - TwitterのAnomalyDetection Rパッケージ
ahaz - 半パラメトリック追加危険性回帰における正則化
arules - 関連ルールおよび頻出アイテムセットの探索
bigrf - 大規模データセット向けのランダムフォレスト：分類および回帰フォレスト
bigRR - 一般化リッジ回帰（p >> nの場合に特に優れた性能）
bmrm - 正則化リスク最小化用のバインディング法パッケージ
Boruta - すべての関連特徴選択用のラッパーアルゴリズム
BreakoutDetection - Twitterから得られるrobust E-統計を用いたブレイクアウト検出
bst - 勾配ブースト
CausalImpact - ベイズ構造時系列モデルを用いた因果推論
C50 - C5.0決定木およびルールベースモデル
caret - 分類および回帰のトレーニング
Clever Algorithms For Machine Learning
CORElearn - 分類、回帰、特徴評価および順序評価
CoxBoost - 単一生存終点または競合リスクに対する尤度ベースブーストによるCoxモデル
Cubist - ルールおよびインスタンスベースの回帰モデリング
e1071 - 統計学部（TU Wien）のe1071パッケージのその他関数
earth - マルチ変量適応回帰スプラインモデル
elasticnet - スパース推定およびスパースPCA用エラスティック・ネット
ElemStatLearn - 書籍『統計学の要素：データマイニング、推論、予測』（Trevor Hastie、Robert Tibshir、Jerome Friedman）からのデータセット、関数および例
evtree - グローバルに最適な木の進化学習
fable - よく使われる単変量および多変量時系列予測モデルのコレクション
prophet - 複数の季節性を持つ時系列データの線形または非線形成長を考慮した高品質な予測を生成するツール.
FSelector - サブセット検索または特徴評価に基づく特徴選択フレームワーク
frbs - 分類および回帰タスク用のふuzzyルールベースシステム
GAMBoost - 尤度ベースブースティングによる一般化線形および加算モデル
gamboostLSS - GAMLSS用ブースティング手法
gbm - 一般化ブースティング回帰モデル
glmnet - Lassoおよびエラスティック・ネット正則化された一般化線形モデル
glmpath - 一般化線形モデルおよびコックス比例ハザードモデルのL1正則化経路
GMMBoost - 一般化混合モデル用尤度ベースブースティング
grplasso - グループLassoペナルティによるユーザー指定モデルの適合
grpreg - グループ化変数を持つ回帰モデルの正則化経路
h2o - ディープラーニング、ランダムフォレスト、GBM、KMeans、PCA、GLM
hda - 異方分散判別分析
ipred - 改善された予測器
kernlab - kernlab: カーネルベースの機械学習ラボ
klaR - 分類と可視化
kohonen - 監督および非監督の自己組織マップ
L0Learn - 最適部分集合選択の高速アルゴリズム
lars - 最小角回帰、Lassoおよび前進ステージワイズ
lasso2 - L1制約推定（つまり‘Lasso’）
LiblineaR - Liblinear C/C++ライブラリに基づく線形予測モデル
lightgbm - ライトグレードブーストマシン
lme4 - 混合効果モデル
nlme - 混合効果モデル、ユーザーが指定した残差共分散行列を扱い、長期試験における繰り返し観測の解析に適している
glmmTMB - 一般化混合効果モデル、ユーザーが指定した残差共分散行列を扱い、長期試験における繰り返し観測の解析に適している
LogicReg - 論理回帰
maptree - 木モデルのマッピング、剪定およびグラフ化
mboost - モデルベースブースト
Machine Learning For Hackers
mlr - 分類、回帰、生存分析およびクラスタリング用の拡張フレームワーク [DEPRECIATED]
mlr3 - 次世代拡張フレームワーク：分類、回帰、生存分析およびクラスタリング
mvpart - 多変量分区
MXNet - MXNetはRに柔軟かつ効率的なGPU計算と最先端の深層学習を提供する
ncvreg - SCADおよびMCP罰則を用いた回帰モデルの正則化経路
nnet - 順次ニューラルネットワークおよび多項対数線形モデル
oblique.tree - 分類データ用の斜交木
pamr - Pam: マイクロアレイ用の予測分析
party - 再帰的パーティションリングのための実験室
partykit - 再帰的パーティションリングのためのツールキット
penalized - GLMおよびコックスモデルにおけるL1（ラッソおよび融合ラッソ）およびL2（リッジ）ペナルティ推定
penalizedLDA - フィッシャーの線形判別関数を用いたペナルティ分類
penalizedSVM - ペナルティ関数を用いた特徴選択SVM
quantregForest - quantregForest: 量子回帰フォレスト
randomForest - randomForest: ブリーマンとカーラーの分類および回帰用ランダムフォレスト
randomForestSRC - randomForestSRC: 生存・回帰・分類用ランダムフォレスト（RF-SRC）
ranger - ランダムフォレストの高速実装
rattle - Rにおけるデータマイニング用グラフィカルユーザーインターフェース
rda - 縮小中心の正則化判別分析
rdetools - 特徴空間における関連次元推定（RDE）
REEMtree - 長期間（パネル）データ用のランダム効果を持つ回帰木
relaxo - リラックスラッソ
rgenoud - 導関数を用いた遺伝的最適化のR版
rgp - Rにおける遺伝プログラミングフレームワーク
Rmalschains - Rにおけるメモティックアルゴリズムと局所探索連鎖による連続最適化（MA-LS-Chains）
rminer - 分類および回帰におけるデータマイニング手法（例：ニューラルネットワークおよびSVM）の簡単な利用
ROCR - スコアリング分類器の性能を可視化
RoughSets - 粗集合とふくう集合の理論を用いたデータ分析
rpart - 再帰的分割と回帰木
RPMM - 再帰的分割混合モデル
RSNNS - ストゥルグマート神経ネットワークシミュレータ（SNNS）を用いたRにおける神経ネットワーク
Rsomoclu - 自己組織化マップの並列実装
RWeka - R/Wekaインターフェース
RXshrink - RXshrink：一般化リッジまたは最小角回帰による最大尤度収縮
sda - 収縮判別分析およびCATスコア変数選択
SDDA - 段階的対角判別分析
SuperLearnerとsubsemble - 複数アルゴリズムによるアンサンブル学習パッケージ。
survminer - 生存分析および可視化
survival - 生存分析
svmpath - svmpath：SVMパスアルゴリズム
tgp - ベイズツリードガウス過程モデル
tidymodels - tidyverseの設計思想、文法、データ構造を共有するモデリングおよび統計解析用パッケージのコレクション
torch - GPU加速によるテンソルと神経ネットワーク
tree - 分類および回帰木
varSelRF - ランダムフォレストを用いた変数選択
xgboost - eXtreme Gradient Boosting Treeモデル、その速度と性能が知られている

自然言語処理

Packages for Natural Language Processing.

text2vec - ベクトル化および語彙埋め込みを目的とした高速テキストマイニングフレームワーク
tm - R用の包括的なテキストマイニングフレームワーク
openNLP - Apache OpenNLPツールインターフェース
koRpus - テキスト分析用のRパッケージ
zipfR - 語彙頻度分布に対する統計モデル
NLP - 自然言語処理用の基本関数
LDAvis - トピックモデルのインタラクティブ可視化
topicmodels - David M. Bleiが開発したトピックモデル（潜在ディリクレ分配（LDA）、相関トピックモデル（CTM））用のCコードとのインターフェース
syuzhet - 3つの感情辞書を用いてテキストから感情を抽出
SnowballC - C libstemmer UTF-8ライブラリに基づくSnowball形態素解析器
quanteda - テキストデータの定量分析用のR関数
Topic Models Resources - トピックモデル学習およびR関連リソース
NLP for - Rにおける自然言語処理関連リソース @Chinese
MonkeyLearn - 🐒 Monkeylearnによるテキスト分析用Rパッケージ 🐒
tidytext - ハデル・ウィッカムのtidy原則を適用したテキストマイニング実装
utf8 - UTF-8 文字の操作と表示が R の UTF-8 ハンドリングにおける複数のバグを修正.
corporaexplorer - テキストコレクションのダイナミックな探索

ベイズ統計

Packages for Bayesian Inference.

brms - Stanを用いたベイズ回帰モデルの高レベルインターフェース
coda - MCMCの出力分析および診断
mcmc - マルコフ連鎖モンテカルロ
MCMCpack - マルコフ連鎖モンテカルロ（MCMC）パッケージ
R2WinBUGS - RからWinBUGSおよびOpenBUGSを実行する
BRugs - OpenBUGS MCMCソフトウェアへのRインターフェース
rjags - JAGS MCM-ライブラリへのRインターフェース
rstan - Stan MCMCソフトウェアへのRインターフェース

最適化

Packages for Optimization.

lpSolve - Lp_solveへのインターフェース（線形/整数計画問題の解法）
minqa - 二次近似による導関数なし最適化アルゴリズム
nloptr - NLoptは非線形最適化用の無料・オープンソースライブラリ
ompr - R内で代数的に混合整数線形計画問題をモデル化
Rglpk - R/GNU線形計画法キットインターフェース
ROI - R最適化インフラストラクチャ（‘ROI’）は、R内で最適化問題を処理する高度なフレームワーク

金融

Packages for dealing with money.

quantmod - Rにおける定量金融モデルおよびトレードフレームワーク
pedquant - 公開された経済データおよび定量分析
TTR - Rで技術的トレードルールを構築するための関数とデータ
PerformanceAnalytics - パフォーマンスおよびリスク分析用の計量経済ツール
zoo - 規則的および不規則時系列データへのS3インフラストラクチャ
xts - 拡張可能な時系列分析
tseries - 時系列分析および計算金融
fAssets - 金融資産の分析およびモデル化
scorecard - 信用リスクスコアカード

バイオインフォマティクスと生物統計

Packages for processing biological datasets.

Bioconductor - 高スループットゲノムデータの分析および理解に用いるツール
genetics - 遺伝データの処理に用いられるクラスとメソッド
gap - 集団データおよび家族データの遺伝データ解析に用いられる統合パッケージ
ape - 系統解析および進化の解析
pheatmap - 美しく簡便なヒートマップの作成
lme4 - 一般化された混合効果モデル
nlme - 残差共分散をユーザーが指定できるマトリクスで扱う混合効果モデル。これは、長期試験における繰り返し観測の解析に適している。
glmmTMB - 残差共分散をユーザーが指定できるマトリクスで扱う一般化された混合効果モデル。これは、長期試験における繰り返し観測の解析に適している。

ネットワーク分析

Packages to construct, analyze and visualize network data.

Network Analysis List - ネットワーク分析関連リソース
CRAN Task View NetworkAnalysis - ネットワーク解析リソースに関するCRANタスクビュー
igraph - ネットワーク解析ツールのコレクション
network - Rにおける関係データの操作に必要な基本ツール
sna - ネットワークの基本的な測定および可視化ツール
manynet - さまざまなタイプのネットワークを作成・編集するためのツール
autograph - ネットワークグラフおよびモデルの自動プロット
netdiffuseR - ネットワーク拡散の解析に用いられるツール
networkDynamic - 動的、(間)時間的ネットワークへの対応
ndtv - 動的ネットワークデータをさまざまなフォーマットでアニメーション化する可視化ツール
statnet - 多くのRネットワーク解析パッケージの背後にあるプロジェクト
ergm - Rにおける指数型ランダムグラフモデル
latentnet - ネットワークオブジェクトに対する潜在位置およびクラスタモデル
tnet - 重み付き、二モードおよび長縦ネットワーク向けのネットワークメジャー
rgexf - Rから GEXF へネットワークオブジェクトをエクスポートし、Gephiやなどのネットワークソフトウェアで操作 Sigma
visNetwork - vis.js ライブラリを用いたネットワーク可視化
tidygraph - グラフ操作用の tidy API

空間分析

Packages to explore the earth.

CRAN Task View: Analysis of Spatial Data- 空間分析関連リソース
Leaflet - 最も人気のあるJavaScriptライブラリのインタラクティブマップ
ggmap - ggplot2を用いたRでのマップ可視化
REmap - JavaScriptライブラリEChartsへのRインターフェースによるインタラクティブマップデータ可視化
sf - 空間データ向けの改善されたクラスとメソッド
sp - 空間データ向けのクラスとメソッド
rgeos - ジオメトリエンジン・オープンソースへのインターフェース
rgdal - 地理空間データ抽象ライブラリへのバインディング
maptools - 空間オブジェクトの読み込みと処理用ツール
gstat - 空間および空間時系列の地質統計モデリング、予測、シミュレーション
spacetime - 空間時系列データ向けのRクラスとメソッド
RColorBrewer - マップ用のカラーチームを提供
spatstat - 空間点パターン分析、モデル適合、シミュレーション、検定
spdep - 空間依存性：重み付け方式、統計およびモデル
tigris - Rでカウンシーティガー/ラインのシェイプファイルをダウンロードして使用
GWmodel - 地理重量付きモデル
tmap - テーママップ用のRパッケージ

R開発

Packages for packages.

Package Development List - パッケージ開発を向上させるRパッケージ
promises - プロミスベースの非同期プログラミング向けの抽象化
devtools - R開発者にとっての生活を楽にするツール
testthat - Rでのテストを楽しくするパッケージ
R6 - Rの標準クラスに比べてシンプルで高速かつ軽量な代替手段
pryr - Rの中の処理の流れを理解しやすくするツール
roxygen - 関数の定義のすぐ横にコメントで関数の説明を記述する
lineprof - Rにおけるラインプロファイリング結果を可視化
renv - Rプロジェクトをより孤立させ、移植可能で再現性のあるものにする
installr - R内で（Windows用）ソフトウェアをインストールするための関数
import - R用のインポート機構
box - R用の現代的なモジュールシステム
Rocker - Docker用のR設定
RStudio Addins - RStudioのアドイン一覧
drat - GitHubやその他のリポジトリ上のRリポジトリの作成と使用
covr - Rパッケージのテストカバレッジと（オプションで）結果をcoverallsまたはcodecovにアップロード
lintr - R用の静的コード分析でコードスタイルを強制
staticdocs - Rパッケージの静的HTMLドキュメンテーションを生成
sinew - 関数スクリプトから情報をスクレイピングした情報を含むroxygen2のテンプレートを生成

ロギング

Packages for Logging

futile.logger - Rにおけるlog4jに類似したログパッケージ
log4r - R用のlog4jの派生品
logging - Pythonのloggingパッケージを模倣したログパッケージ

データパッケージ

Handy Data Packages

engsoccerdata - 1871年から2016年までの英語およびヨーロッパのサッカーリーグ結果
gapminder - Gapminderデータセットからの抜粋（過去50年間の国に関するデータ）
wbstats - 世界銀行データAPIおよび世界銀行データカタログAPIからのデータ検索とダウンロードに必要なツール
ICON - 複雑システムおよびネットワークデータセット（Index of COmplex Networks ICONデータベースから） webpage
RCOBOLDI - COBOL CopyBookデータファイルをRに直接、適切な構造のデータフレームとしてインポート。パッケージのビルドは Drat および DockerHub から入手可能

その他のツール

Handy Tools for R

git2r - RからGitリポジトリへのプログラムによるアクセスを提供
Conda - ほとんどのRパッケージは、コンダのマルチプラットフォーム依存性マネージャーを通じて利用可能

その他のインタープリター

Alternative R engines.

CXXR - RをC++にリファクタリング
fastR - FastRは、TruffleおよびGraalをベースにしたR言語の実装
pqR - Rの”非常に速い”実装
renjin - R用のJVMベースのインタープリターツール
rho - R言語のインタープリタを、完全に互換性を持ち、効率的なVMにリファクタリング
riposte - R用の高速インタープリタおよびJIT
TERR - R向けのTIBCO Enterprise Runtime。

Rの学習

Packages for Learning R.

swirl - Rコンソール内に直接配置されたインタラクティブなRチュートリアル
DataScienceR - データサイエンス、自然言語処理および機械学習向けのRチュートリアル一覧

リソース

新しいRリソースを発見する場所。

ウェブサイト

マニュアル

R-project - 統計計算用Rプロジェクト
An Introduction to R - Rについての非常に良い入門書であり、一部の高度なトピックも扱っています。また、ManualsにおけるCRANのCRAN Contributed Documentation（複数言語）も参照してください
CRAN Contributed Docs - CRANの貢献ドキュメンテーションが多数の言語で提供されています
Quick-R - 非常に優れたリファレンス書
tryR - Rの初学者向けの迅速なコース

ツールとリファレンス

RDocumentation - RDocumentationでCRAN、Bioconductor、GitHubのパッケージおよびそのアーカイブを検索できます
rdrr.io - Rパッケージのドキュメンテーションを検索。ブラウザ上でRパッケージを試してみましょう
CRAN Task Views - CRANパッケージのタスクビュー
rnotebook.io - 無料でオンラインR Jupyterノートブックを作成できます

ニュースと情報

R Weekly - Rおよびデータサイエンスに関する週次更新。R WeeklyはGitHub上でオープンに開発されています
R Bloggers - ウェブ上に散在するRに関するブログ記事の集約サイトです
R-users - Rユーザー向けの求人掲載サイト（およびその採用を希望する人々向け）

書籍

無料・オンライン

R for Data Science by Garrett Grolemund & Hadley Wickham - RStudio開発者の無料書籍。データサイエンスワークフローに重点を置いている
R Cookbook by Winston Chang - 問題指向型のオンライン書籍で、そのR Graphics Cookbook, 2nd ed. (2018)をサポートしています
Advanced R, 2nd ed. by Hadley Wickham (2019) - Advanced R書籍のオンライン版
R Packages, 2nd ed. by Hadley Wickham & Jennifer Bryan - Rパッケージの作成に関する書籍（紙版およびウェブサイト形式）
Books written as part of the Johns Hopkins Data Science Specialization:
- Exploratory Data Analysis with R by Roger D. Peng (2016) - さまざまなデータに対する基本的な分析スキル
- R Programming for Data Science by Roger D. Peng (2019) - Rプログラミングを用いた高度なデータ分析
- Report Writing for Data Science in R by Roger D. Peng (2019) - 再現可能な研究およびレポート生成に向けたRベースの手法
R for SAS and SPSS users by Bob Muenchen (2012) - SASまたはSPSSにすでに慣れ親しんでいるユーザー向けの優れたリソース
Introduction to Statistical Learning with Application in R by Gareth James et al. (2017) - The Elements of Statistical Learningの簡略化された、「運用的」なバージョン。著者から無料のソフトコピーが提供されています
The R Inferno by Patrick Burns (2011) - パトリック・バーンズがRの内部構造や特徴について詳しく解説！
Efficient R Programming by Colin Gillespie & Robin Lovelace (2017) - オーレリーブックのオンライン版：効率的なRプログラミング。
The R Programming Wikibook - R用の協働型ハンドブック。

有料

The Art of R Programming - Rにおける基本的な概念、制御文、変数のスコープ、クラス、デバッグなど、体系的に学べるリソース。
R Cookbook, 2nd ed. by JD Long & Paul Teetor (2019) - Rを使ってよくある統計分析を行うための簡潔で分かりやすい導入。
R in Action - 本書は初級者から上級者まで幅広いユーザーに向けた内容で、“Rデータ構造の探索”から回帰分析や因子分析まで、段階的に解説。
Use R! Series by Springer - スプリンガーから発行される、安価で焦点を絞ったシリーズの短い本。各本は、ベイズネットワーク、ggplot2、Rcppなど、特定の分野におけるRの活用を扱う。
Learning R Programming - Rをプログラミング言語として、基礎から高度なテーマまで学ぶ。

書籍・モノグラフのリストとレビュー

R Books List - Rの書籍一覧
Readings in Applied Data Science - これらの読書はハデリーが応用データサイエンスについて個人的に考えた内容を反映している.

ポッドキャスト

Not So Standard Deviations - データサイエンスのパッド。
- @Roger Peng および @Hilary Parker.
R World News - RワールドニュースはRコミュニティの最新動向を提供する。
- @Bob Rudis および @Jay Jacobs.
The R-Podcast - Rの使い方に関する実用的なアドバイスを提供。
- @Eric Nantz.
R Talk - 統計ソフトウェアおよび言語Rに関するニュースとディスカッション。
- @Oliver Keyes, @Jasmine Dumas, @Ted Hart and @Mikhail Popov.
R Weekly - Rコミュニティに関する週次ニュース更新。

リファレンスカード

RStudio Cheat Sheets
R Reference Card 2.0 - Emmanuel Paradis（Matt Baggottによる第2版）の『R for Beginners』の許可を得て作成された資料。
Regression Analysis Refcard - 回帰分析用のRリファレンスカード。
Reference Card for ESS - ESS用リファレンスカード

MOOC

Massive open online courses.

Johns Hopkins University Data Science Specialization - Rの導入、文書化分析ツール、Shinyなどを含む9コース
HarvardX Biomedical Data Science - 生命科学向けRの導入コース
Explore Statistics with R - Rにおける導入、データ処理、統計分析をカバー

Books - Rの書籍一覧
ggplot2 Extensions - ggplot2拡張のサンプル
Natural Language Processing - Rにおける自然言語処理関連リソース @Chinese
Network Analysis - ネットワーク分析関連リソース
Open Data - Rを使ってオープンデータを取得・解析・操作・作成・共有する方法
Posts - 優れたRブログ記事や記事
Package Development - パッケージ開発を向上させるRパッケージ
R Project Conferences - useR!大会およびDSC大会に関する情報
RStartHere - 最も有用なRパッケージの一部をワークフローごとに整理したガイド
RStudio Addins - RStudioのアドイン一覧
Topic Models - トピックモデル学習およびR関連リソース
Web Technologies - Rと世界-wide-webを組み合わせて使う方法に関する情報

Rエコシステム

Rのコミュニティとパッケージコレクション（アルファベット順）：

rOpenGov オープン政府データ、計算社会科学、デジタル人文科学
rOpenHealth 公衆衛生データ
rOpenSci オープンサイエンス

2018

fable - 単変量および多変量時系列予測モデル及
r2d3 - R による D3 ビジュアライゼーションのインターフェース
rstats-ed - R を教えているコースのリスト
promises - Promise 基盤の非同期プログラミング向けの抽象化
tinytex - 軽量で保守しやすい LaTeX ディストリビューション
Readings in Applied Data Science - これらの読書はハデリーが応用データサイエンスについて個人的に考えた内容を反映している.

2017

prophet - 複数の季節性を持つ時系列データの線形または非線形成長を考慮した高品質な予測を生成するツール.
tidyverse - tidyverse のパッケージを簡単にインストール・ロード
purrr - R 用の関数型プログラミングツールキット
hrbrthemes - 🔏 ggplot2 の意見に基づいた、タイプグラフィック中心のテーマとテーマコンポーネント
xaringan - R Markdown と JavaScript ライブラリを使って HTML5 スライドを作成
blogdown - R Markdown を使ってブログやウェブサイトを作成
glue - R でデータに文字列を結合。小型で高速で依存関係のない解釈可能な文字列リテラル.
covr - R のテストカバレッジレポート
lintr - R 用の静的コード分析
reprex - GitHub または StackOverflow などの場で共有するための R コードの一部をレンダリング.
reticulate - R による Python のインターフェース
tensorflow - R 用の TensorFlow
utf8 - UTF-8 文字の操作と表示が R の UTF-8 ハンドリングにおける複数のバグを修正.
Patchwork - 複数の ggplot を同じグラフィックに結合

その他のAwesomeリスト

コントリビューション

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